이는 건설교통부의 '철도종합안전기술개발사업'이 2006년도부터 본격적으로 추진됨에 따라 이 사업을 효율적으로 추진하기 위한 것이라고 철기연은 덧붙였다.
이에 따라 유관조직인 차량기계연구본부와 안전기술연구팀을 통합해 '철도시스템안전연구본부'(본부장 김기환)로 새롭게 구성했으며, 본부 산하에 안전기술연구팀, 시스템인터페이스연구팀, 차량성능연구팀, 복합운송기술연구팀 등 4개 팀을 두어 업무의 효율성을 꾀했다.
또 기존 철도안전연구시험센터를 철도시험인증연구센터 개편함과 동시에 원장 직속으로 배치하여 시험인증분야의 전문성 및 독립성 강화에 주력했다.
이밖에 선임연구부장 직명을 '선임연구본부장'으로 개칭하고 연구본부 산하에 있던 정책연구팀을 선임연구본부장 직속으로 배치해 연구사업에 대한 종합적인 조정업무 또한 강화키로 했다.
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